首先我想说我是R的新手，特别是这个网站的新手，所以如果我有必要在这里澄清什么，请让我知道！我还不是很明白所有的事情，所以请你尽量"低调"。

问题：我想创建描述两个组(在本例中为物种)的PCA图。我还想在它们周围画椭圆或边框。

谢天谢地，我使用ggplot2完成了这项任务！ 但是，我无法更改超出默认设置的点或椭圆/边框的颜色。

您能在这件事上提供一些帮助吗？

请参见下面的示例代码，这只是PCA示例中经常使用的传统虹膜数据集。

###load in plackages###
library(ggbiplot)
library(ggfortify)
library(cluster)

#my actual data is very similar to the iris data, though in my data the     "Species" column is first
head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa
df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
autoplot(prcomp(df))
autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species') #pca graph with   species depicted in different colors

autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', shape='Species', frame=T) 

推荐答案

我也做了相同的主成分分析

data<-iris
df<-iris[c(1, 2, 3, 4)]
PC<-prcomp(df)
PCi<-data.frame(PC$x,Species=data$Species)

现在进行正常绘图并照常更改ggplot参数

ggplot(PCi,aes(x=PC1,y=PC2,col=Species))+
   geom_point(size=3,alpha=0.5)+ #Size and alpha just for fun
   scale_color_manual(values = c("#FF1BB3","#A7FF5B","#99554D"))+ #your colors here
   theme_classic()

另外，请检查scale_fill_manual框架

编辑

我认为添加框架应该更容易，请选中此处https://stats.stackexchange.com/questions/22805/how-to-draw-neat-polygons-around-scatterplot-regions-in-ggplot2 还有这里 ggplot2: geom_polygon with no fill

另外，我仍然认为ggbilot应该可以处理scale_color_manual和scale_fill_manual，您能更新您失败的问题吗？